USBメディアを主にWindowsデバイスで使用する場合は、FAT32、exFAT、またはNTFSを選択できます。FAT32とNTFSはLinuxでも動作しますが、exFATは追加のツールが必要です。Linuxデバイスでのみドライブを使用する場合は、ネイティブのEXT 2、3、または4を追加できます。MacOSの場合、ネイティブでFAT 32を実行でき、exFATでも動作しますが、NTFSには追加のツールが必要で、ネイティブファイルシステムはHFS+（および最新のAPFS）で、EXTではありません。
NTFSは大きなデータボリュームをサポートしています：4 KBのクラスターサイズの場合、16 TiBのデータを収容できます。64 KBのクラスターサイズ（最大）の場合、256 TiBのデータを意味し、256 TiBが最大ファイルサイズです。